Haabneeme Kooli juhtkonda kuuluvad koolijuht, õppejuhid ja tugiteenuste juht.

Haabneeme Kooli õpetajad kuuluvad seitsmesse aineühendusse (klassiõpetajate aineühendus; eesti keele ja kirjanduse aineühendus; võõrkeelte aineühendus; reaalainete aineühendus; liikumise aineühendus; kunsti ja muusika aineühendus ja sotsiaalainete aineühendus), mille juhtidest on moodustunud laiendatud juhtkond.

Vanematekogu moodustub iga klassi esindajatest, kelle hulgast on valitud ka kooli toimimist toetav hoolekogu.

Õpilasesindus toimib koostöös õpetaja Kerdi ja II-III kooliastme õpilastega.