Haabneeme Kooli juhtkonda kuuluvad koolijuht, õppejuht, HEV-koordinaator, arendusjuht ja haridustehnoloog.

Haabneeme Kooli õpetajad kuuluvad seitsmesse aineühendusse (eesti keele ja kirjanduse aineühendus; võõrkeelte aineühendus; reaalainete aineühendus; liikumise aineühendus; kunsti aineühendus; sotsiaalainete aineühendus; muusika aineühendus), mille juhtidest on moodustunud laiendatud juhtkond.

Vanematekogu moodustub iga klassi esindajatest, kelle hulgast on valitud ka kooli toimimist toetav hoolekogu.

Õpilasesindus toimib koostöös õpetaja Kerdi ja II-III kooliastme õpilastega.