Haabneeme Kooli juhtkonda kuuluvad koolijuht, õppejuht, HEV-koordinaator, arendusjuht ja aineühenduste koordinaator.

Haabneeme Kooli õpetajad kuuluvad kuude aineühendusse (eesti keele ja kirjanduse aineühendus; võõrkeelte aineühendus; reaalainete aineühendus; liikumise aineühendus; kunsti ja muusika aineühendus ja sotsiaalainete aineühendus), mille juhtidest on moodustunud laiendatud juhtkond.

Vanematekogu moodustub iga klassi esindajatest, kelle hulgast on valitud ka kooli toimimist toetav hoolekogu.

Õpilasesindus toimib koostöös õpetajate Kerdi, Annela ja II-III kooliastme õpilastega.