Haabneeme Kooli juhib juhtkond, kuhu kuuluvad koolijuht, õppejuhid ning HEV-koordinaator. Õpetajad on jaotunud aineühendustesse, mille juhid kuuluvad kooli laiendatud juhtkonda.

2022/2023. õppeaastal õpib koolis 597 õpilast 30. klassikomplektis. Koolis töötab kokku kaheksakümmend neli inimest, kellest seitsekümmend seitse on tegevpedagoogid.

Tugistruktuuri kuuluvad psühholoog, logopeed, sotsiaalpedagoog, eripedagoogid, abiõpetajad ja kooli medõde.

Kooli raamatukogu tööd koordineerib raamatukogutöötaja. Tehniliste seadmete korrashoiu ja efektiivse kasutamise tagab IT-spetsialist.

Moodustatud on vanematekogu, kuhu kuulub iga klassi esindaja, kelle hulgast on valitud kooli toimimist toetav hoolekogu.

Koolis on õpilasesindus, kuhu kuuluvad II ja III kooliastme õpilased.