Haabneeme Kooli juhib direktor, kelle nõuandvaks organiks on kooli juhtkond, kuhu kuuluvad õppejuhid ning tugiteenuste juht. Õpetajad on jaotunud aineühendustesse, mille juhid kuuluvad kooli laiendatud juhtkonda.

2025/2026. õppeaastal õpib koolis 499 õpilast 31 klassikomplektis. Koolis töötab kokku 80 inimest, kellest 73 on tegevpedagoogid.

Tugistruktuuri kuuluvad psühholoog, logopeed, sotsiaalpedagoog, eripedagoogid, abiõpetajad ja kooli medõde.

Kooli raamatukogu tööd koordineerib raamatukogutöötaja. Tehniliste seadmete korrashoiu ja efektiivse kasutamise tagab IT-spetsialist.

Moodustatud on vanematekogu, kuhu kuulub iga klassi esindaja, kelle hulgast on valitud kooli toimimist toetav hoolekogu.

Koolis on õpilasesindus, kuhu kuuluvad II ja III kooliastme õpilased.